O Ministério da Saúde descredenciou 9.180 farmácias do Programa Farmácia Popular.  A medida ocorreu após a renovação anual obrigatória do credenciamento, realizada em parceria com a Caixa Econômica Federal, que encerrou em 31 de julho. A ação de controle, que havia sido interrompida em 2018, faz parte do fortalecimento do programa.

Essas unidades não fizeram a renovação do cadastro ou não apresentaram a documentação necessária para continuar participando do programa. Em todo o país, continuam em funcionamento 24 mil farmácias, garantindo o fornecimento gratuito de 41 itens para quase 22 milhões de pessoas beneficiadas no primeiro semestre de 2025, com expectativa de atender 26 milhões até o fim do ano.

Pelo menos 5 mil farmácias tiveram as atividades suspensas pelo monitoramento do programa para coibir irregularidades. Nesse monitoramento, são avaliados 25 indicadores, como a frequência de retirada de medicamentos, a quantidade vendida em relação ao tamanho da população atendida e uso indevido de CPFs. Entre 2023 e 2025, com essas ações, cerca de R$ 8 milhões foram ressarcidos aos cofres públicos.